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Nya ha encontrado un lugar para vivir y junto con el sensei, irá de viaje. Los serpentines han sido exiliados. Lord Garmadon pretende gobernar Ninjago y promete a los serpentines un hogar por lo que se alían con él. Lloyd ha sido secuestrado por Skales.
El sensei y el equipo entrenan a Lloyd. Mientras tanto, Lord Garmadon tiene en su poder la mega arma y piensa usarlo contra la mascota ninja. Lloy disfruta de su entrenamiento en el Mojo Dojo y su instructor ha sido secuestrado por los piratas.
El equipo encuentra dificultades entrenando a Lloy pues no pueden encausar su gran poder. Lord Garmadon por su parte, entrena a su equipo y crea los dobles de los ninjas, pero leales hacía él, su misión, destruir a los ninjas originales.
El entrenamiento de Lloyd continua. Ahora los ninjas también se preparan para el gran rally Ninjago, ya que, si lo ganan, podrán conservar el Mojo Dojo que amenaza con ser destruido, en su lugar, harán un campo de tiro de golf.
Cuando el Ninja interrumpe a Lord Garmadon para que no use su Mega-Arma para hacer retroceder el reloj y dar vida a los fósiles de un monstruo, los Ninja son golpeados, ahora se ven obligados a solicitar la ayuda de Lloyd para luchar contra los despiertos
